HealthOmics 執行輸入

如果工作流程定義指定工作流程或工作流程任務的輸入檔案，HealthOmics 會將檔案分階段到工作流程執行專用的暫存磁碟區。這些輸入檔案為唯讀，可防止任務修改工作流程中其他任務的潛在輸入。對於目錄匯入，目錄也是唯讀的。

許多基因體應用程式假設索引檔案與序列檔案 （例如bam檔案的配套bai檔案） 位於同一位置。若要包含索引檔案，請在工作流程定義中將其指定為任務輸入。

管理執行參數大小

當您開始執行時，您可以在執行參數 JSON 物件或檔案中指定執行輸入。您可以為工作流程指定最多 50 KB 的執行參數。您可以使用下列技術來維持在此大小限制內：

• 使用目錄匯入

  若要指定大量輸入檔案，請指定一個參數做為包含所有檔案的 Amazon S3 位置，而不是為每個檔案位置指定參數。如需詳細資訊，請參閱下一個主題 (Amazon S3 輸入參數格式）。

• 使用範例工作表

  範例工作表是 CSV 或 TSV 檔案，其中包含一個用於 fastq.gz 地址的資料欄 （或兩個用於配對讀取），以及範例名稱等中繼資料的其他資料欄。您可以將範例工作表指定為執行輸入參數，而不是每個輸入檔案的參數。

  您的工作流程會定義範例工作表如何映射至工作流程中的資料結構。雖然您可以在 WDL 和 CWL 中撰寫範例工作表的程式碼，但它們在 NextFlow 中更為常見。如需範例，請參閱 nf-core GitHub 網站上的範例工作表。

Amazon S3 輸入參數格式

對於接受 Amazon S3 位置的輸入參數， 參數可以指定一個檔案或整個檔案目錄的位置。使用目錄有下列優點：

• 便利性 – 您可以將目錄名稱指定為 參數。您不會列出每個檔案名稱。

• 精簡性 – 輸入參數檔案大小上限為 50 KB。如果您提供輸入檔案名稱的長清單，則可以超過此上限。

Amazon S3 是平面物件儲存系統，因此不支援目錄。您可以將檔案分組為「目錄」，方法是為每個檔案提供相同的物件金鑰字首。如需 Amazon S3 物件金鑰字首的詳細資訊，請參閱使用字首組織物件。

HealthOmics 會解譯輸入參數值，如下所示：

• 如果 Amazon S3 位置結尾不是正斜線或使用 glob 模式，HealthOmics 預期參數值是某個 Amazon S3 物件的索引鍵。

  例如，您可以指定 s3://myfiles/runs/inputs/a/file1.fastq輸入 file1.fastq

• 如果 Amazon S3 位置以正斜線結尾，HealthOmics 會將參數值解譯為 Amazon S3 字首。它會載入具有該字首的所有 Amazon S3 物件。

  例如，您可以指定 s3://myfiles/runs/inputs/a/載入其金鑰以此字首開頭的所有物件。

• 對於 Nextflow，HealthOmics 支援輸入參數中 Amazon S3 URIs 的 glob 模式。

  例如，您可以指定 “s3://myfiles/runs/inputs/a/*.gz”輸入其金鑰以此字首開頭的所有 .gz 檔案。

Amazon S3 輸入中雙斜線的語言特定處理

HealthOmics 會在 Amazon S3 URIs 中處理雙斜線時保留每個工作流程引擎的原生引擎行為，因此您在將工作流程遷移至 HealthOmics 時不需要對工作流程進行任何變更。下列各節說明每個引擎如何處理各種案例。

WDL

如果輸入參數在 URI 中間或結尾包含雙斜線，則 WDL 引擎會保留雙斜線。

輸入參數	預期位置
s3：//myfiles/runs/inputs//file1.fastq	s3：//myfiles/runs/inputs//file1.fastq
s3：//myfiles/runs/inputs//	s3：//myfiles/runs/inputs//

下一個流程

如果輸入參數在 URI 中間包含雙斜線，則 Nextflow 引擎會保留雙斜線。對於 URI 結尾的雙斜線，Nextflow 引擎會將其解析為單一斜線。

輸入參數	預期位置
s3：//myfiles/runs/inputs//file1.fastq	s3：//myfiles/runs/inputs//file1.fastq
s3：//myfiles//runs/inputs//*.gz	s3：//myfiles//runs/inputs//*.gz
s3：//myfiles//runs/inputs//	s3：//myfiles//runs/inputs/

CWL

如果輸入參數在 URI 中間或結尾包含雙斜線，CWL 引擎會保留雙斜線。

輸入參數	預期位置
s3：//myfiles//runs/inputs//file1.fastq	s3：//myfiles//runs/inputs//file1.fastq
s3：//myfiles//runs/inputs//	s3：//myfiles//runs/inputs//

Amazon S3 輸入封存狀態

HealthOmics 可以即時擷取 Amazon S3 S3 物件。對於處於下列封存儲存狀態的物件，要提供給 HealthOmics 的restore物件：

• Amazon S3 Glacier 中的 Flexible Retrieval 或 Deep Archive 儲存類別。

• 智慧型分層中的封存存取或 Deep Archive Access 層。

如需有關還原物件的資訊，請參閱《Amazon S3 使用者指南》中的還原封存的物件。