在 HealthOmics 中建立私有工作流程 - AWS HealthOmics

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在 HealthOmics 中建立私有工作流程

私有工作流程取決於您在建立工作流程之前建立和設定的各種資源:

  • Workflow definition file:以 WDL、 Nextflow或 撰寫的工作流程定義檔案CWL。工作流程定義會指定使用工作流程之執行的輸入和輸出。它還包含工作流程執行和執行任務的規格,包括運算和記憶體需求。工作流程定義檔案必須為 .zip 格式。如需詳細資訊,請參閱 HealthOmics 中的工作流程定義檔案

  • Parameter template file (選用):以 寫入的參數範本檔案JSON。建立 檔案以定義執行參數,或 HealthOmics 會為您產生參數範本。如需詳細資訊,請參閱 HealthOmics 工作流程的參數範本檔案

  • Amazon ECR container images:建立工作流程的容器映像,並將其存放在私有 Amazon ECR 儲存庫中。

  • Sentieon licenses (選用):請求在私有工作流程中使用Sentieon軟體Sentieon的授權。

或者,您可以在建立工作流程之前或之後,在工作流程定義上執行 linter。linter 主題說明 HealthOmics 中可用的 linter。