HealthOmics Beispiele mit AWS CLI - AWS Command Line Interface
Aktionen

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

HealthOmics Beispiele mit AWS CLI

Die folgenden Codebeispiele zeigen Ihnen, wie Sie mithilfe von AWS Command Line Interface with Aktionen ausführen und allgemeine Szenarien implementieren HealthOmics.

Aktionen sind Codeauszüge aus größeren Programmen und müssen im Kontext ausgeführt werden. Während Aktionen Ihnen zeigen, wie Sie einzelne Service-Funktionen aufrufen, können Sie Aktionen im Kontext der zugehörigen Szenarios anzeigen.

Jedes Beispiel enthält einen Link zum vollständigen Quellcode, in dem Sie Anweisungen zum Einrichten und Ausführen des Codes im Kontext finden.

Themen

Aktionen

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungabort-multipart-read-set-upload.

AWS CLI

Um den Upload eines mehrteiligen Lesesatzes zu beenden

Im folgenden abort-multipart-read-set-upload Beispiel wird der Upload eines mehrteiligen Lesesatzes in Ihren HealthOmics Sequenzspeicher gestoppt.

aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Mit diesem Befehl wird keine Ausgabe zurückgegeben.

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Direktes Hochladen in einen Sequenzspeicher.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungaccept-share.

AWS CLI

Um einen Teil der Analytics-Daten zu akzeptieren, speichern Sie Daten

Im folgenden accept-share Beispiel wird ein Teil der HealthOmics Analytics-Store-Daten akzeptiert.

aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Ausgabe:

{
    "status": "ACTIVATING"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Kontoübergreifendes Teilen im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch.

  • Einzelheiten zur API finden Sie AcceptSharein der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungbatch-delete-read-set.

AWS CLI

Um mehrere Lesesätze zu löschen

Im folgenden batch-delete-read-set Beispiel werden zwei Lesesätze gelöscht.

aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

Wenn beim Löschen eines der angegebenen Lesesätze ein Fehler auftritt, gibt der Dienst eine Fehlerliste zurück.

{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcancel-annotation-import-job.

AWS CLI

Um einen Importauftrag für Anmerkungen abzubrechen

Im folgenden cancel-annotation-import-job Beispiel wird ein Importauftrag für Anmerkungen mit ID 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997 abgebrochen.

aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcancel-run.

AWS CLI

Um einen Lauf abzubrechen

Im folgenden cancel-run Beispiel wird ein Lauf mit ID 1234567 abgebrochen.

aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Lebenszyklus in einem Workflow ausführen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie CancelRunin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcancel-variant-import-job.

AWS CLI

Um einen Variantenimportjob abzubrechen

Im folgenden cancel-variant-import-job Beispiel wird ein Variantenimportjob mit ID 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e storniert.

aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcomplete-multipart-read-set-upload.

AWS CLI

Um einen mehrteiligen Upload abzuschließen, nachdem Sie alle Komponenten hochgeladen haben.

Das folgende complete-multipart-read-set-upload Beispiel schließt einen mehrteiligen Upload in einen Sequenzspeicher ab, sobald alle Komponenten hochgeladen wurden.

aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Ausgabe:

{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcreate-annotation-store-version.

AWS CLI

Um eine neue Version eines Annotationsspeichers zu erstellen

Im folgenden create-annotation-store-version Beispiel wird eine neue Version eines Annotationsspeichers erstellt.

aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Neue Versionen von Annotationsspeichern erstellen.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcreate-annotation-store.

AWS CLI

Beispiel 1: Um einen VCF-Annotationsspeicher zu erstellen

Im folgenden create-annotation-store Beispiel wird ein Annotationsspeicher im VCF-Format erstellt.

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Beispiel 2: Um einen TSV-Annotationsspeicher zu erstellen

Im folgenden create-annotation-store Beispiel wird ein Annotationsspeicher im TSV-Format erstellt.

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.jsonkonfiguriert die Formatoptionen für Anmerkungen.

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcreate-multipart-read-set-upload.

AWS CLI

Um mit dem Upload eines mehrteiligen Lesesatzes zu beginnen.

Das folgende create-multipart-read-set-upload Beispiel initiiert einen Upload eines mehrteiligen Lesesatzes.

aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcreate-reference-store.

AWS CLI

Um einen Referenzspeicher zu erstellen

Im folgenden create-reference-store Beispiel wird ein Referenzspeicher erstelltmy-ref-store.

aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcreate-run-group.

AWS CLI

Um eine Ausführungsgruppe zu erstellen

Im folgenden create-run-group Beispiel wird eine Ausführungsgruppe mit dem Namen erstelltcram-converter.

aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-gpus 10 \
    --max-duration 600 \
    --max-runs 5

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Erstellen von Ausführungsgruppen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie CreateRunGroupunter AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcreate-sequence-store.

AWS CLI

Um einen Sequenzspeicher zu erstellen

Im folgenden create-sequence-store Beispiel wird ein Sequenzspeicher erstellt.

aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcreate-share.

AWS CLI

Um einen Share eines HealthOmics Analytics-Stores zu erstellen

Das folgende create-share Beispiel zeigt, wie Sie einen Share eines HealthOmics Analytics-Stores erstellen, der von einem Abonnenten außerhalb des Kontos akzeptiert werden kann.

aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Ausgabe:

{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Accountübergreifendes Teilen im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch.

  • Einzelheiten zur API finden Sie CreateSharein AWS CLI der Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcreate-variant-store.

AWS CLI

Um einen Variantenspeicher zu erstellen

Im folgenden create-variant-store Beispiel wird ein Variantenspeicher mit dem Namen erstelltmy_var_store.

aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungcreate-workflow.

AWS CLI

Um einen Workflow zu erstellen

Im folgenden create-workflow Beispiel wird ein WDL-Workflow erstellt.

aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zipist ein ZIP-Archiv, das eine Workflow-Definition enthält. workflow-params.jsondefiniert Laufzeitparameter für den Workflow.

{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Private Workflows erstellen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie CreateWorkflowin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-annotation-store-versions.

AWS CLI

Um eine Annotation Store-Version zu löschen

Im folgenden delete-annotation-store-versions Beispiel wird eine Version des Annotationsspeichers gelöscht.

aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Ausgabe:

{
    "errors": []
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Neue Versionen von Annotationsspeichern erstellen.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-annotation-store.

AWS CLI

Um einen Annotationsspeicher zu löschen

Im folgenden delete-annotation-store Beispiel wird ein Annotationsspeicher mit dem Namen my_vcf_store gelöscht.

aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Ausgabe:

{
    "status": "DELETING"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-reference-store.

AWS CLI

Um einen Referenzspeicher zu löschen

Im folgenden delete-reference-store Beispiel wird ein Referenzspeicher mit ID 1234567890 gelöscht.

aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-reference.

AWS CLI

Um eine Referenz zu löschen

Im folgenden delete-reference Beispiel wird eine Referenz gelöscht.

aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

  • Einzelheiten zur API finden Sie DeleteReferencein der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-run-group.

AWS CLI

Um eine Ausführungsgruppe zu löschen

Im folgenden delete-run-group Beispiel wird eine Ausführungsgruppe mit ID 1234567 gelöscht.

aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Löschen von Läufen und Ausführungsgruppen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie DeleteRunGroupin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-run.

AWS CLI

Um einen Workflow zu löschen, führen Sie ihn aus

Das folgende delete-run Beispiel löscht einen Lauf mit ID. 1234567

aws omics delete-run \
    --id 1234567

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Löschen von Läufen und Ausführungsgruppen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie DeleteRunin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-sequence-store.

AWS CLI

Um einen Sequenzspeicher zu löschen

Das folgende delete-sequence-store Beispiel löscht einen Sequenzspeicher mit ID. 1234567890

aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-share.

AWS CLI

Um einen Teil der HealthOmics Analysedaten zu löschen

Im folgenden delete-share Beispiel wird ein kontoübergreifender Anteil an Analysedaten gelöscht.

aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Ausgabe:

{
    "status": "DELETING"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Kontoübergreifendes Teilen im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch.

  • Einzelheiten zur API finden Sie DeleteSharein der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-variant-store.

AWS CLI

Um einen Variantenspeicher zu löschen

Im folgenden delete-variant-store Beispiel wird ein Variantenspeicher mit dem Namen my_var_store gelöscht.

aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Ausgabe:

{
    "status": "DELETING"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungdelete-workflow.

AWS CLI

Um einen Workflow zu löschen

Das folgende delete-workflow Beispiel löscht einen Workflow mit ID. 1234567

aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Löschen eines privaten Workflows.

  • Einzelheiten zur API finden Sie DeleteWorkflowin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-annotation-import-job.

AWS CLI

Um einen Importjob für Anmerkungen anzuzeigen

Im folgenden get-annotation-import-job Beispiel werden Details zu einem Importauftrag für Anmerkungen abgerufen.

aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-annotation-store-version.

AWS CLI

Um die Metadaten für eine Annotation Store-Version abzurufen

Im folgenden get-annotation-store-version Beispiel werden die Metadaten für die angeforderte Version des Annotationsspeichers abgerufen.

aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Ausgabe:

{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Neue Versionen von Annotationsspeichern erstellen.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-annotation-store.

AWS CLI

Um einen Annotationsspeicher anzuzeigen

Im folgenden get-annotation-store Beispiel werden Details zu einem Annotationsspeicher mit dem Namen abgerufenmy_ann_store.

aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-read-set-activation-job.

AWS CLI

Um einen Readset-Aktivierungsjob anzuzeigen

Im folgenden get-read-set-activation-job Beispiel werden Details zu einem Read-Set-Aktivierungsjob abgerufen.

aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-read-set-export-job.

AWS CLI

Um einen Exportauftrag für Lesesätze anzuzeigen

Im folgenden get-read-set-export-job Beispiel werden Details zu einem Exportauftrag für Lesesätze abgerufen.

aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-read-set-import-job.

AWS CLI

Um einen Importjob für Lesesätze anzuzeigen

Im folgenden get-read-set-import-job Beispiel werden Details zu einem Importauftrag für Lesesätze abgerufen.

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-read-set-metadata.

AWS CLI

Um einen Lesesatz anzusehen

Im folgenden get-read-set-metadata Beispiel werden Details zu den Dateien eines Lesesatzes abgerufen.

aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-read-set.

AWS CLI

Um ein Leseset herunterzuladen

Im folgenden get-read-set Beispiel wird Teil 3 eines Lesesatzes als heruntergeladen1234567890.3.bam.

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

  • Einzelheiten zur API finden Sie GetReadSetin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-reference-import-job.

AWS CLI

Um einen Referenzimportjob anzuzeigen

Im folgenden get-reference-import-job Beispiel werden Details zu einem Referenzimportauftrag abgerufen.

aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-reference-metadata.

AWS CLI

Um eine Referenz anzuzeigen

Im folgenden get-reference-metadata Beispiel werden Details zu einer Referenz abgerufen.

aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-reference-store.

AWS CLI

Um ein Referenzgeschäft aufzurufen

Im folgenden get-reference-store Beispiel werden Details zu einem Referenzspeicher abgerufen.

aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-reference.

AWS CLI

Um eine Genomreferenz herunterzuladen

Im folgenden get-reference Beispiel wird Teil 1 eines Genoms als heruntergeladenhg38.1.fa.

aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

  • Einzelheiten zur API finden Sie GetReferencein der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-run-group.

AWS CLI

Um eine Ausführungsgruppe anzuzeigen

Im folgenden get-run-group Beispiel werden Details zu einer Ausführungsgruppe abgerufen.

aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Erstellen von Ausführungsgruppen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie GetRunGroupunter AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-run-task.

AWS CLI

Um eine Aufgabe anzusehen

Im folgenden get-run-task Beispiel werden Details zu einer Workflow-Aufgabe abgerufen.

aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Ausgabe:

{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Aufgabenlebenszyklus in einer HealthOmics Ausführung.

  • Einzelheiten zur API finden Sie GetRunTaskin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-run.

AWS CLI

Um eine Workflow-Ausführung anzuzeigen

Im folgenden get-run Beispiel werden Details zu einer Workflow-Ausführung abgerufen.

aws omics get-run \
    --id 1234567

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Lebenszyklus in einem Workflow ausführen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie GetRunin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-sequence-store.

AWS CLI

Um einen Sequenzspeicher anzuzeigen

Im folgenden get-sequence-store Beispiel werden Details zu einem Sequenzspeicher mit ID abgerufen1234567890.

aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

  • Einzelheiten zur API finden Sie GetSequenceStorein der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-share.

AWS CLI

Um die Metadaten zu einem Teil von HealthOmics Analysedaten abzurufen

Im folgenden get-share Beispiel werden die Metadaten für einen kontoübergreifenden Anteil an Analysedaten abgerufen.

aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Ausgabe:

{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Weitere Informationen finden Sie unter Kontoübergreifendes Teilen im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch.

  • Einzelheiten zur API finden Sie GetSharein der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-variant-import-job.

AWS CLI

Um einen Variantenimport-Job anzuzeigen

Im folgenden get-variant-import-job Beispiel werden Details zu einem Variantenimportjob abgerufen.

aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-variant-store.

AWS CLI

Um einen Variantenspeicher anzuzeigen

Im folgenden get-variant-store Beispiel werden Details zu einem Variantenspeicher abgerufen.

aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

  • Einzelheiten zur API finden Sie GetVariantStorein der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungget-workflow.

AWS CLI

Um einen Workflow anzuzeigen

Im folgenden get-workflow Beispiel werden Details zu einem Workflow mit ID abgerufen1234567.

aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Private Workflows erstellen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie GetWorkflowin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-annotation-import-jobs.

AWS CLI

Um eine Liste von Importjobs für Anmerkungen zu erhalten

Im Folgenden finden list-annotation-import-jobs Sie eine Liste von Importaufträgen für Anmerkungen.

aws omics list-annotation-import-jobs

Ausgabe:

{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-annotation-store-versions.

AWS CLI

Um alle Versionen eines Annotationsspeichers aufzulisten.

Im folgenden list-annotation-store-versions Beispiel werden alle Versionen eines Annotationsspeichers aufgeführt.

aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Ausgabe:

{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Neue Versionen von Annotationsspeichern erstellen.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-annotation-stores.

AWS CLI

Um eine Liste von Annotationsspeichern abzurufen

Im folgenden list-annotation-stores Beispiel wird eine Liste von Annotationsspeichern abgerufen.

aws omics list-annotation-stores

Ausgabe:

{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-multipart-read-set-uploads.

AWS CLI

Um alle mehrteiligen Read-Set-Uploads und deren Status aufzulisten.

Das folgende list-multipart-read-set-uploads Beispiel listet alle Uploads von mehrteiligen Lesesätzen und deren Status auf.

aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Ausgabe:

{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie im Benutzerhandbuch unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher.AWS HealthOmics

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-read-set-activation-jobs.

AWS CLI

Um eine Liste von Readset-Aktivierungsaufträgen abzurufen

Im folgenden list-read-set-activation-jobs Beispiel wird eine Liste von Aktivierungsaufträgen für einen Sequenzspeicher mit ID abgerufen1234567890.

aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-read-set-export-jobs.

AWS CLI

To ruft eine Liste von Readset-Exportaufträgen ab

Im folgenden list-read-set-export-jobs Beispiel wird eine Liste von Exportaufträgen für einen Sequenzspeicher mit der ID abgerufen1234567890.

aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-read-set-import-jobs.

AWS CLI

Um eine Liste von Readset-Importaufträgen zu erhalten

Im folgenden list-read-set-import-jobs Beispiel wird eine Liste von Importaufträgen für einen Sequenzspeicher mit ID abgerufen1234567890.

aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-read-set-upload-parts.

AWS CLI

Um alle Teile in einem angeforderten mehrteiligen Upload für einen Sequenzspeicher aufzulisten.

Das folgende list-read-set-upload-parts Beispiel listet alle Teile in einem angeforderten mehrteiligen Upload für einen Sequenzspeicher auf.

aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Ausgabe:

{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-read-sets.

AWS CLI

Um eine Liste von Read-Sets zu erhalten

Im folgenden list-read-sets Beispiel wird eine Liste von Lesesätzen für einen Sequenzspeicher mit ID abgerufen1234567890.

aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

  • Einzelheiten zur API finden Sie ListReadSetsin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-reference-import-jobs.

AWS CLI

Um eine Liste von Referenzimportaufträgen abzurufen

Im folgenden list-reference-import-jobs Beispiel wird eine Liste von Referenzimportaufträgen für einen Referenzspeicher mit der ID abgerufen1234567890.

aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-reference-stores.

AWS CLI

Um eine Liste von Referenzgeschäften zu erhalten

Im folgenden list-reference-stores Beispiel wird eine Liste von Referenzspeichern abgerufen.

aws omics list-reference-stores

Ausgabe:

{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-references.

AWS CLI

Um eine Referenzliste zu erhalten

Das folgende list-references Beispiel ruft eine Liste von Genomreferenzen für einen Referenzspeicher mit ID ab1234567890.

aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

  • Einzelheiten zur API finden Sie ListReferencesin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-run-groups.

AWS CLI

Um eine Liste von Run-Gruppen zu erhalten

Im folgenden list-run-groups Beispiel wird eine Liste von Ausführungsgruppen abgerufen.

aws omics list-run-groups

Ausgabe:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Erstellen von Ausführungsgruppen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie ListRunGroupsunter AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-run-tasks.

AWS CLI

Um eine Liste von Aufgaben zu erhalten

Im folgenden list-run-tasks Beispiel wird eine Liste von Aufgaben für eine Workflow-Ausführung abgerufen.

aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Ausgabe:

{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Aufgabenlebenszyklus bei einer HealthOmics Ausführung.

  • Einzelheiten zur API finden Sie ListRunTasksin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-runs.

AWS CLI

Um eine Liste von Workflow-Läufen abzurufen

Im folgenden list-runs Beispiel wird eine Liste von Workflow-Ausführungen abgerufen.

aws omics list-runs

Ausgabe:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Lebenszyklus in einem Workflow ausführen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie ListRunsin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-sequence-stores.

AWS CLI

Um eine Liste von Sequenzspeichern abzurufen

Im folgenden list-sequence-stores Beispiel wird eine Liste von Sequenzspeichern abgerufen.

aws omics list-sequence-stores

Ausgabe:

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-shares.

AWS CLI

Um die verfügbaren Anteile an HealthOmics Analysedaten aufzulisten

Das folgende list-shares Beispiel listet alle Shares auf, die für einen Ressourcenbesitzer erstellt wurden.

aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Ausgabe:

{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Kontoübergreifendes Teilen im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch.

  • Einzelheiten zur API finden Sie ListSharesin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-tags-for-resource.

AWS CLI

Um eine Liste von Tags zu erhalten

Im folgenden list-tags-for-resource Beispiel wird eine Liste von Tags für einen Workflow mit ID abgerufen1234567.

aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Ausgabe:

{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Weitere Informationen finden Sie unter Tagging resources in Amazon Omics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-variant-import-jobs.

AWS CLI

Um eine Liste von Variantenimportaufträgen zu erhalten

Im folgenden list-variant-import-jobs Beispiel wird eine Liste von Variantenimportaufträgen abgerufen.

aws omics list-variant-import-jobs

Ausgabe:

{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-variant-stores.

AWS CLI

Um eine Liste von Variantengeschäften zu erhalten

Im folgenden list-variant-stores Beispiel wird eine Liste von Variantenspeichern abgerufen.

aws omics list-variant-stores

Ausgabe:

{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunglist-workflows.

AWS CLI

Um eine Liste von Workflows abzurufen

Im folgenden list-workflows Beispiel wird eine Liste von Workflows abgerufen.

aws omics list-workflows

Ausgabe:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Private Workflows erstellen.

  • Einzelheiten zur API finden Sie ListWorkflowsin der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungstart-annotation-import-job.

AWS CLI

Um Anmerkungen zu importieren

Das folgende start-annotation-import-job Beispiel importiert Anmerkungen aus Amazon S3.

aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Ausgabe:

{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungstart-read-set-activation-job.

AWS CLI

Um einen archivierten Lesesatz zu aktivieren

Im folgenden start-read-set-activation-job Beispiel werden zwei Lesesätze aktiviert.

aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungstart-read-set-export-job.

AWS CLI

Um einen Lesesatz zu exportieren

Das folgende start-read-set-export-job Beispiel exportiert zwei Lesesätze nach Amazon S3.

   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungstart-read-set-import-job.

AWS CLI

Um einen Lesesatz zu importieren

Im folgenden start-read-set-import-job Beispiel wird ein Lesesatz importiert.

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json ist ein JSON-Dokument mit dem folgenden Inhalt.

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungstart-reference-import-job.

AWS CLI

Um ein Referenzgenom zu importieren

Das folgende start-reference-import-job Beispiel importiert ein Referenzgenom aus Amazon S3.

aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungstart-run.

AWS CLI

Um einen Workflow auszuführen

Im folgenden start-run Beispiel wird ein Workflow mit ID ausgeführt1234567.

aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json ist ein JSON-Dokument mit dem folgenden Inhalt.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie im Benutzerhandbuch unter Einen Lauf starten.AWS HealthOmics

So laden Sie Quelldateien von Amazon Omics

Sie können Quelldateien auch aus dem Amazon Omics-Speicher laden, indem Sie URIs dienstspezifisch verwenden. Die folgende Beispieldatei workflow-inputs.json verwendet Amazon Omics URIs für Lesesatz- und Referenzgenomquellen.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

  • Einzelheiten zur API finden Sie unter Befehlsreferenz. StartRunAWS CLI

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungstart-variant-import-job.

AWS CLI

Um eine Variantendatei zu importieren

Im folgenden start-variant-import-job Beispiel wird eine Variantendatei im VCF-Format importiert.

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Ausgabe:

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungtag-resource.

AWS CLI

Um eine Ressource zu taggen

Das folgende tag-resource Beispiel fügt einem Workflow ein department Tag mit der ID hinzu1234567.

aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Weitere Informationen finden Sie unter Tagging resources in Amazon Omics im Amazon Omics Developer Guide.

  • Einzelheiten zur API finden Sie TagResourcein AWS CLI der Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendunguntag-resource.

AWS CLI

Um ein Tag aus einer Ressource zu entfernen

Im folgenden untag-resource Beispiel wird das department Tag aus einem Workflow entfernt.

aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Storage im Amazon Omics Developer Guide.

  • Einzelheiten zur API finden Sie UntagResourcein der AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungupdate-annotation-store.

AWS CLI

Um einen Annotationsspeicher zu aktualisieren

Im folgenden update-annotation-store Beispiel wird die Beschreibung eines Annotationsspeichers mit dem Namen aktualisiertmy_vcf_store.

aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungupdate-run-group.

AWS CLI

Um eine Ausführungsgruppe zu aktualisieren

Im folgenden update-run-group Beispiel werden die Einstellungen einer Ausführungsgruppe mit der ID aktualisiert1234567.

aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Workflows im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungupdate-variant-store.

AWS CLI

Um einen Variantenspeicher zu aktualisieren

Im folgenden update-variant-store Beispiel wird die Beschreibung eines Variantenspeichers mit dem Namen aktualisiertmy_var_store.

aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Omics Analytics im Amazon Omics Developer Guide.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungupdate-workflow.

AWS CLI

Um einen Workflow zu aktualisieren

Im folgenden update-workflow Beispiel wird die Beschreibung eines Workflows mit der ID aktualisiert1234567.

aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Erstellen oder Aktualisieren eines Workflows.

  • Einzelheiten zur API finden Sie UpdateWorkflowunter AWS CLI Befehlsreferenz.

Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendungupload-read-set-part.

AWS CLI

Um einen Teil des Lesesatzes hochzuladen.

Im folgenden upload-read-set-part Beispiel wird ein bestimmter Teil eines Lesesatzes hochgeladen.

aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Ausgabe:

{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Weitere Informationen finden Sie im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher.