Creazione o aggiornamento di un flusso di lavoro

Per creare un flusso di lavoro privato, devi:

• Workflow definition file: un file di definizione del flusso di lavoro scritto in WDLNextflow, oCWL. La definizione del flusso di lavoro specifica gli input e gli output per le esecuzioni che utilizzano il flusso di lavoro. Include inoltre le specifiche per le attività di esecuzione ed esecuzione del flusso di lavoro, inclusi i requisiti di calcolo e memoria. Il file di definizione del flusso di lavoro deve essere in .zip formato. Per ulteriori informazioni, vedere File di definizione del flusso di lavoro in HealthOmics.

• Parameter template file(opzionale): Un file modello di parametri scritto inJSON. Crea il file per definire i parametri di esecuzione o HealthOmics genera automaticamente il modello di parametri. Per ulteriori informazioni, consultate File modello di parametri per i HealthOmics flussi di lavoro.

• Amazon ECR container images: crea immagini di container per il flusso di lavoro e memorizzale in un repository Amazon ECR privato.

• Sentieon licenses(opzionale): richiedi una Sentieon licenza per utilizzare il Sentieon software in flussi di lavoro privati.

Per i file di definizione del flusso di lavoro più grandi di 4 MiB (compressi), scegli una di queste opzioni durante la creazione del flusso di lavoro:

• Carica in una cartella Amazon Simple Storage Service e specifica la posizione.

• Carica su un repository esterno (dimensione massima 1 GiB) e specifica i dettagli del repository.

Dopo aver creato un flusso di lavoro, è possibile aggiornare le seguenti informazioni sul flusso di lavoro con l'operazione: UpdateWorkflow

• Nome

• Descrizione

• Tipo di archiviazione predefinito

• Capacità di archiviazione predefinita (con ID del flusso di lavoro)

• File README.md

Per modificare altre informazioni nel flusso di lavoro, crea un nuovo flusso di lavoro o una nuova versione del flusso di lavoro.

Utilizza il controllo delle versioni del flusso di lavoro per organizzare e strutturare i flussi di lavoro. Le versioni consentono inoltre di gestire l'introduzione di aggiornamenti iterativi del flusso di lavoro. Per ulteriori informazioni sulle versioni, consulta Creare una versione del flusso di lavoro.

Argomenti

• Creare un flusso di lavoro privato

• Aggiornare un flusso di lavoro privato

• Eliminare un flusso di lavoro privato

• Verifica lo stato del flusso di lavoro

• Riferimento ai file del genoma da una definizione di workflow