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HealthOmics でのプライベートワークフローの作成
プライベートワークフローは、ワークフローを作成する前に作成および設定するさまざまなリソースによって異なります。
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Workflow definition file: WDL、Nextflow、または で記述されたワークフロー定義ファイルCWL。ワークフロー定義は、ワークフローを使用する実行の入力と出力を指定します。また、コンピューティングやメモリの要件など、ワークフローの実行タスクと実行タスクの仕様も含まれています。ワークフロー定義ファイルは
.zip形式である必要があります。詳細については、HealthOmics のワークフロー定義ファイル」を参照してください。 -
Parameter template file (オプション): で記述されたパラメータテンプレートファイルJSON。ファイルを作成して実行パラメータを定義するか、HealthOmics がパラメータテンプレートを生成します。詳細については、HealthOmics ワークフローのパラメータテンプレートファイル」を参照してください。
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Amazon ECR container images: ワークフローのコンテナイメージを作成し、プライベート Amazon ECR リポジトリに保存します。
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Sentieon licenses (オプション): プライベートワークフローでSentieonソフトウェアを使用するSentieonライセンスをリクエストします。
必要に応じて、ワークフローの作成前または作成後に、ワークフロー定義で linter を実行できます。このlinterトピックでは、HealthOmics で使用できる linters について説明します。
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