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Criação de fluxos de trabalho privados no HealthOmics
Os fluxos de trabalho privados dependem de uma variedade de recursos que você cria e configura antes de criar o fluxo de trabalho:
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Workflow definition file:Um arquivo de definição de fluxo de trabalho escrito em WDLNextflow,, ouCWL. A definição do fluxo de trabalho especifica as entradas e saídas para execuções que usam o fluxo de trabalho. Ele também inclui especificações para as execuções e tarefas de execução do seu fluxo de trabalho, incluindo requisitos de computação e memória. O arquivo de definição do fluxo de trabalho deve estar em
.zipformato. Para obter mais informações, consulte Arquivos de definição de fluxo de trabalho.-
Você pode usar o Kiro CLI para criar e validar seus arquivos de definição de fluxo de trabalho em WDL, Nextflow e CWL. Para obter mais informações, consulte Exemplos de solicitações para o Kiro CLI e o tutorial de IA generativa HealthOmics Agentic em.
GitHub
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(Optional) Parameter template file:Um arquivo de modelo de parâmetro escrito emJSON. Crie o arquivo para definir os parâmetros de execução ou HealthOmics gere o modelo de parâmetro para você. Para obter mais informações, consulte Arquivos de modelo de parâmetros para HealthOmics fluxos de trabalho.
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Amazon ECR container images:Crie um repositório privado do Amazon ECR para o fluxo de trabalho. Crie imagens de contêiner no repositório privado ou sincronize o conteúdo de um registro upstream compatível com seu repositório privado do Amazon ECR.
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(Optional) Sentieon licenses:Solicite uma Sentieon licença para usar o Sentieon software em fluxos de trabalho privados.
Além dos linters integrados, você pode, opcionalmente, executar um linter localmente em sua definição de fluxo de trabalho antes de criar o fluxo de trabalho. Para obter mais informações sobre linters externos integrados e opcionais, consulteFluxo de trabalho intermitente em HealthOmics.
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