Creazione di flussi di lavoro privati in HealthOmics

I flussi di lavoro privati dipendono da una serie di risorse che crei e configuri prima di creare il flusso di lavoro:

• Workflow definition file:Un file di definizione del flusso di lavoro scritto inWDL,Nextflow, oCWL. La definizione del flusso di lavoro specifica gli input e gli output per le esecuzioni che utilizzano il flusso di lavoro. Include anche le specifiche per le esecuzioni e le attività di esecuzione del flusso di lavoro, inclusi i requisiti di calcolo e memoria. Il file di definizione del flusso di lavoro deve essere in .zip formato. Per ulteriori informazioni, vedere File di definizione del flusso di lavoro.

  • Puoi usare Kiro CLI per creare e convalidare i file di definizione del flusso di lavoro in WDL, Nextflow e CWL. Per ulteriori informazioni, consulta Istruzioni di esempio per Kiro CLI e il tutorial sull'intelligenza artificiale generativa di Agentic su. HealthOmics GitHub

• (Optional) Parameter template file:Un file modello di parametro scritto in. JSON Crea il file per definire i parametri di esecuzione o HealthOmics genera automaticamente il modello di parametro. Per ulteriori informazioni, consultate File modello di parametri per i HealthOmics flussi di lavoro.

• Amazon ECR container images:Crea un repository Amazon ECR privato per il flusso di lavoro. Crea immagini di contenitori nel repository privato o sincronizza i contenuti di un registro upstream supportato con il tuo repository privato Amazon ECR.

• (Optional) Sentieon licenses:Richiedi una Sentieon licenza per utilizzare il software in flussi di lavoro privati. Sentieon

Oltre ai linter incorporati, è possibile eseguire un linter localmente sulla definizione del flusso di lavoro prima di creare il flusso di lavoro. Per ulteriori informazioni sui linter esterni incorporati e opzionali, vedere. Il flusso di lavoro si interrompe HealthOmics

Argomenti

• HealthOmics integrazione del flusso di lavoro con repository basati su Git

• File di definizione del flusso di lavoro in HealthOmics

• File modello di parametri per i flussi HealthOmics di lavoro

• Immagini di container per flussi di lavoro privati

• HealthOmics File README del flusso di lavoro

• Richiesta di licenze Sentieon per flussi di lavoro privati

• Il flusso di lavoro si interrompe HealthOmics

• HealthOmics operazioni del flusso di lavoro