Creazione di flussi di lavoro privati in HealthOmics

I flussi di lavoro privati dipendono da una varietà di risorse create e configurate prima di creare il flusso di lavoro:

• Workflow definition file: un file di definizione del flusso di lavoro scritto in WDLNextflow, oCWL. La definizione del flusso di lavoro specifica gli input e gli output per le esecuzioni che utilizzano il flusso di lavoro. Include inoltre le specifiche per le attività di esecuzione ed esecuzione del flusso di lavoro, inclusi i requisiti di calcolo e memoria. Il file di definizione del flusso di lavoro deve essere in .zip formato. Per ulteriori informazioni, vedere File di definizione del flusso di lavoro in HealthOmics.

• Parameter template file(opzionale): Un file modello di parametri scritto inJSON. Crea il file per definire i parametri di esecuzione o HealthOmics genera automaticamente il modello di parametri. Per ulteriori informazioni, consultate File modello di parametri per i HealthOmics flussi di lavoro.

• Amazon ECR container images: crea immagini di container per il flusso di lavoro e archiviali in un repository Amazon ECR privato.

• Sentieon licenses(opzionale): richiedi una Sentieon licenza per utilizzare il Sentieon software in flussi di lavoro privati.

Facoltativamente, è possibile eseguire un linter sulla definizione del flusso di lavoro prima o dopo la creazione del flusso di lavoro. L'linterargomento descrive i linter disponibili in. HealthOmics

Argomenti

• File di definizione del flusso di lavoro in HealthOmics

• File modello di parametri per i flussi HealthOmics di lavoro

• Immagini di container in Amazon ECR per flussi di lavoro privati

• Richiesta di licenze Sentieon per flussi di lavoro privati

• Stampanti per flussi di lavoro in HealthOmics

• Creazione o aggiornamento di un flusso di lavoro