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Neptune admite la recopilación de elementos no utilizados en el diccionario (GC) para los datos de gráficos de propiedades, que se puede habilitar mediante el neptune_lab_mode parámetro cuando neptune_streams no está activo. Cuando está activado, este trabajo en segundo plano limpia las entradas del diccionario no utilizadas, lo que podría reducir la tasa de crecimiento de los datos. La función se puede ejecutar en dos modos: soft_delete (marcando las entradas como eliminadas sin eliminarlas explícitamente) y habilitada (eliminar entradas explícitamente). El proceso de GC puede afectar al rendimiento del sistema al enfrentarse a subprocesos de consulta para obtener recursos como la CPU y la memoria caché del búfer, y puede ejecutarse con una simultaneidad máxima de 16 subprocesos.
Neptune también admite edge generado por un servidor en línea IDs, que se puede habilitar mediante un parámetro de configuración cuando neptune_streams no está activo. Cuando esta función está habilitada, el servidor genera líneas integradas únicas IDs para los bordes que no tienen un identificador definido por el usuario, utilizando el prefijo reservado «neptune_reserved». Estos elementos en línea no IDs se almacenan en el diccionario, lo que puede mejorar la eficiencia del almacenamiento.
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